Mặc dù phạm vi công tác tình báo khá rộng, nhưng trên thực tế, Sở Liên lạc tập trung vào công tác tuyển mộ, huấn luyện biệt kích. Chính do nhiệm vụ này, trong các phòng chuyên môn, Phòng 45 hay Sở Bắc, phụ trách các hoạt động tung gián điệp biệt kích ra miền Bắc; và Phòng 55 hay Sở Nam, phụ trách các hoạt động biệt kích tại miền Nam, đóng một vai trò rất quan trọng.

Bên cạnh đó, một nhiệm vụ khác, tuy không chính thức, nhưng được xem là ưu tiên nhất của Sở Liên lạc là chỉ huy lực lượng cơ động tinh nhuệ chuyên dùng để bảo vệ Phủ Tổng thống chống những cuộc đảo chính. Chính vì vậy, mặc dù các hoạt động tung gián điệp biệt kích ra miền Bắc tỏ ra kém hiệu quả, quân số của Liên đoàn quan sát số 1 vẫn phát triển không ngừng. Tháng 11 năm 1961, Liên đoàn quan sát số 1 được cải danh thành Liên đoàn 77. Tháng 2 năm 1963, Liên đoàn 31 được thành lập. Ngày 15 tháng 3 năm 1963, Tổng thống Diệm ra quyết định thành lập Lực lượng đặc biệt trên cơ sở bộ máy của Sở Khai thác địa hình và 2 đơn vị tác chiến là Liên đoàn biệt kích 77 và 31. Về nguyên tắc, Lực lượng đặc biệt được chuyển thuộc sang Bộ Quốc phòng, có quy mô tương đương cấp Lữ đoàn, nhưng trên thực tế, Tổng thống có toàn quyền điều động đơn vị này thông qua một cơ quan chỉ huy trực tiếp là Phòng Liên lạc Phủ Tổng thống, mà thực chất chính các Bộ chỉ huy Lực lượng đặc biệt, do Đại tá Lê Quang Tung làm Chỉ huy trưởng.